Au cœur de l’AFU se trouve l’Assemblée Générale composée des associations enregistrées et reconnues. En parallèle se trouvent 2 Assemblées des Délégués, une consacrée à la Vie Etudiante (ADVE) et une dédié aux affaires universitaire (ADAU). Le bureau de l’AFU est composé d’un poste de Président, de Vice-président, de Trésorier, de Secrétaire ainsi que d’un coordinateur aux affaires universitaires et d’un coordinateur à la vie étudiante :
